「国旗」には、世界各国によってそれぞれ独特の「国旗」の起源が存在しますが、その多くのケースで、国境を越えて海上交通する船が、どこの国の船なのかを表すものとしても用いられたところから始まっていると言われています。
日本の国旗としての「日章旗」の場合、その歴史は「続日本紀」には、文武天皇の701年（大宝元年）の朝賀の儀に正月元旦、儀式会場の飾りつけに「日像」の旗を掲げたという記述があり、これが日の丸の原型で最も古いものといわれています。
現存する最古の日章旗としては、後冷泉天皇より源義光（新羅三郎）へ下賜された旗があって、甲斐源氏宗家の、甲斐武田家の家宝として今に伝えられています。
新羅三郎義光の父頼義が後冷泉天皇から下賜された「日の丸御旗」であり、源氏の直系を示す旗といわれています。
また、源平合戦のとき、扇に描かれた日の丸の扇子を、那須の与一が射ち落したという逸話も有名です。
さらに室町時代の勘合貿易では、朱印船貿易の際の日本の船籍を表すものとして、船の船尾に日の丸の旗が掲げられています。
江戸幕府は、1673年に御城米廻船に船印として「日の丸」の幟を掲揚するよう指示していますし、1854年には、江戸幕府が「日の丸」の幟を日本惣船印に制定しています。
さらに1860年の幕府渡米使節団では、アメリカ・ブロードウェイで日本の使節団が、「日の丸」の小旗を振って出迎えられています。
日の丸は、明治政府により、1870（明治３）年 の「商船規則」で、「御國旗」として規定され、日本船の目印として採用されました。
以降、日の丸は日本の国旗として定着しています。
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